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基因分型

发布日期:2018-01-26 浏览次数:242

SNP主要应用领域

1. 遗传图谱绘制的标记;

2. 疾病诊断和疾病易感基因的鉴别;

3. 药物基因组学研究和新药筛选;

欢乐时时彩 4. 药物代谢和药物遗传学;

5. 法医鉴定和个体识别;

欢乐时时彩 6. 群体遗传学研究和遗传多态性分析;

7. 物种鉴定、菌种鉴定等。

SNP分型的常用方法

有直接测序法、MassArray质谱法、多重SNaPshot法、连接酶检测反应(LDR)分型方法、TaqMan探针分型法、酶切法、荧光PCR法、DNA芯片法等。

1. 直接测序法

对待检测片段进行直接PCR扩增、采用ABI 3730xl DNA测序仪测序,是SNP检测的金标准。,纯合型SNP位点的测序峰为单一峰型,而杂合型SNP位点的测序峰为套峰,因而很容易将其区分开来。

特点:信息量大,能发现未知SNP位点。

2. MassArray 质谱法

MassArray简介

欢乐时时彩 Sequenom MassArray飞行时间质谱生物芯片系统是为基因组学研究提供兼顾灵敏度和特异性服务的中高通量技术平台,广泛地应用于遗传突变检测、SNP分型以及DNA甲基化定量分析研究,是目前采用质谱法进行直接检测的设备。Sequenom MassArray系统反应体系为非杂交依赖性,不需要各种标记物,实验设计灵活,更可实现高达40重反应,是目前市场上拥有较高性价比的检测系统。

技术特点

1.高通量: 一张芯片可对384个样本进行多重检测;每个体系最多可实现30重反应,通量可根据客户要求进行个性化调整。

2.高性价比:无需荧光标记,仅需合成普通引物,大大降低成本;

3.高灵敏度: 分析所需样本量少(10ng),准确性高;检出率高。

4.高灵活度:欢乐时时彩 一张芯片上样本数量和位置可随意选择、样本和位点检测匹配可随意选择。

检测原理

Sequenom MassArray系统主要是利用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱 (MALDI-TOF MS) 进行分析,即PCR扩增产物或者预处理样本在延伸单碱基后,将制备的样品分析物与芯片基质共结晶,将该晶体放入质谱仪的真空管,而后用瞬时纳秒 (10-9s)强激光激发,由于基质分子经辐射所吸收的能量,导致能量蓄积并迅速产热,从而使基质晶体升华,核酸分子就会解吸附并转变为亚稳态离子,产生的离子多为单电荷离子,这些单电荷离子在加速电场中获得相同的动能,进而在一非电场漂移区内按照其质荷比率得以分离,在真空小管中飞行到达检测器。

检测服务流程

1.客户提供样本及检测位点信息→2.样本完整性检测以及前处理→3.引物设计、合成→4.预试验 →5.PCR扩增、SAP纯化、延伸→6.点样→7.质谱分析→8.分析报告。

实验流程示意图

多重SNaPshot法

多重SNaPshot SNP分型是一种以多重引物延伸为基础、可同时对多个已知SNP 位点进行遗传分型的自动化方法。该技术由美国应用生物公司(ABI)开发,主要针对中等通量的SNP分型项目。

基本原理

在一个含有测序酶,四种荧光标记的ddNTP,紧挨多态位点5’ 端的不同长度延伸引物和PCR产物模板的反应体系中,引物延伸一个碱基即终止,经ABI测序仪跑胶后,根据峰的颜色可知掺入的碱基种类,从而确定该样本的基因型,根据峰移动的胶位置确定该延伸产物对应的SNP位点。对于PCR产物模板可通过多重PCR反应体系来获得。

技术原理图


方法特点

欢乐时时彩 ◆分型准确,其准确度高

◆可多位点同时检测;

◆不受SNP位点多态特性限制;

欢乐时时彩 ◆不受样品个数的限制;

适宜范围

适宜100-4000 个样品;2-10位点;

连接酶检测反应(LDR)分型方法

理论依据

欢乐时时彩 主要应用连接酶检测反应 (ligase detection reaction,LDR)技术。即在Taq DNA连接酶的作用下,当SNP位点上下游两条寡核苷酸探针与目的DNA序列完全互补,并且两条探针之间没有空隙时才能发生连接反应,否则连接反应不能进行,最后通过荧光扫描片段长度,实现对SNP 位点的检测。

核心技术

◆多重PCR;

◆多重LDR;

◆ABI3730XL 检测。

原理示意图

方法特点:

1.适用于任何多态性位点,不需要人工引入酶切位点;

2.分型准确,其准确度高

3.检出率高,周期短。

适宜范围:

欢乐时时彩 适宜 100-3000个样品,1-20个位点

TaqMan探针分型技术平台

欢乐时时彩 1.该技术是由ABI研发的SNP分型技术,其技术原理如下:PCR反应时,加入一对两端有不同荧光标记的MGB特异探针来识别不同等位基因(allele1和allele2),5’ 端为报告荧光基团(reporter),3’ 端为淬灭荧光基团(quencher)。PCR过程中,两个探针能与正向引物和反向引物之间的互补序列特异退火结合。当探针形式存在时,由于能量共振转移,荧光基团只发出微弱荧光。特异的探针与相应的等位基因结合后,DNA聚合酶发挥5’ 到3’ 外切酶活性,把报告荧光基团切割下来,脱离3’ 端淬灭荧光基团的淬灭作用(quench),从而发出荧光。两个探针的5’ 端标有不同的荧光(FAM或VIC),3’ 端标有MGB淬灭基团结合体。根据检测到的不同荧光,可以判断相应样本的SNP等位基因型。(具体见下图)

2.TaqMan®MGB探针特点:

(1)探针较短(~13bp);

(2)较短探针提高鉴定的准确性;

欢乐时时彩 (3)小沟结合物增加了较短探针的熔点温度(Tm);

(4)TaqMan® MGB探针对富含A/T的序列有良好的鉴定能力。3.该技术操作简单快速,软件分析结果清晰,标出了每个样本的基因型及荧光强度,非常直观,特别适合少量位点大量样本(上千个)的分型项目。右图为软件分析案例。

客户提供

1、SNP位点信息:

欢乐时时彩 人类基因组需SNP位点的rs号;其它物种如牛、鸡、鱼等无rs号的,需SNP位点上下游各200bp的确切序列,SNP位点的突变类型,以及位点的上下游25bp内是否存在其它位点。

2、分型样品:

欢乐时时彩 (1)若分型样品为基因组DNA或质粒DNA ,样品要求:DNA浓度≥20ng/ul,体积>10ul,位点较多的按照1ul/位点计算。纯度 OD 260/OD280 在1.7~1.9之间。由于样品质量差异过大导致的成功率下降,由客户负责。如果要求提供样品纯化服务,我们对每个样品将收取纯化费。

(2)若分型样品为血样,样本要求:血液样品,体积大于500ul,需用抗凝剂抗凝,送样过程中请注意保持低温,防止DNA降解;血斑样品,9-25mm2大小的血斑两个以上。对每个血样或血斑样本将收取DNA提取费。

(3)客户在寄送样品的时候,应在送样包裹中放置足量的冰袋,以减少在运输过程中因温度变化导致DNA降解的可能。请在每次寄出样品后及时与本公司分型部联系,可以E-mail 或者传真的方式告知样品的详细信息,以便收到样品后能及时与您进行联系确认。

客户将得到结果

★ SNPs结果(Excel表格)

欢乐时时彩 ★ 原始SNP峰型图

★ 完整实验报告包括扩增和反应的体系,所涉及的引物、探针序列等

欢乐时时彩 ★ 客户所需的其它相关资料




合肥世诚生物技术有限公司

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联系方式:0551-63463433 / 18755125163

公司技术平台特色:  

分子生物学技术服务项目包括:

TA克隆,亚克隆;质粒构建,荧光定量PCR检测;RNAi干扰;miRNA检测;SNP分型;STR检测等;

蛋白组学技术服务项目包括:

蛋白抽提,蛋白纯化,WB,Elisa,免疫组化,质谱鉴定,N端测序等。

细胞生物学技术服务项目包括:

细胞培养,细胞转染;慢病毒包装;腺病毒包装; 基因编辑;基因敲除;动物造模等;

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