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环状RNA测序

发布日期:2018-01-26 浏览次数:300

环状RNA(circRNA)是一类特殊的非编码RNA分子,与传统的线性RNA(linear RNA)不同,circRNA分子合呈封闭环状结构,且不受RNA外切酶影响,表达更稳定,不易降解。近期华大推出环状RNA高通量测序服务,可进行环状RNA的鉴定以及环状RNA与miRNA‘’海绵效应‘’分析, 可实现ceRNA(competing endogenous RNAs,内源竞争RNA)机制等研究。可应用在物种环状RNA表达谱构建,环状RNA疾病生物标记开发,环状RNA作用机制研究等方面。

技术优势:

实验严谨:R酶建库方法稳定, 去除线性RNA残留率效率好;

经验丰富:已完成200+样本的环状RNA高通量测序实验;

结果可靠:采用2款环状RNA预测鉴定软件, 可鉴定到万级环状RNA个数,与文献报道一致;

软件灵活:可兼容LncRNA高通量测序数据;

报告清晰:采用Xbio报告模式,结果解读思路清晰.

信息分析内容:

一、标准信息分析

1. 基本数据统计:

1.1去除接头序列、低质量序列得到clean data

1.2与核糖体数据库比对,去除核糖体RNA数据

欢乐时时彩 2. 环状RNA预测鉴定

3. 环状RNA所在线性基因注释

欢乐时时彩 4. 环状RNA在基因组上的定位

5. 环状RNA表达定量分析

6. 样品(组)间表达差异分析

二、高等级信息分析

1. 差异环状RNA来源的基因GO功能及富集分析

2. 差异环状RNA来源的基因Pathway功能及富集分析

3. 环状RNA与miRNA互作分析(适用于人/小鼠物种)

CircRNA表达谱构建——通过高通量测序方法鉴定大豆环状RNA表达

欢乐时时彩 Genome-wide identification and characterization of circular RNAs by high throughput sequencing in soybean. Scientific Reports. 2017;7:5636. doi:10.1038/s41598-017-05922-9.

合作单位:中科院油料所,BGI

案例

欢乐时时彩 大豆是古老的四倍体物种,大部分基因是多个拷贝的同源基因。尽管其他物种的环状RNA已经鉴定,但是在大豆中的环状RNA表达情况未知,尤其是同源基因来源的环状RNA表达情况,所以本次研究采用高通量测序手段,结合RNase R酶处理方法和生信分析的手段揭示大豆环状RNA表达。本次研究共鉴定到5372中环状RNA,大约80%的同源环状RNA来自同源基因,但仍呈现不同的表达模式,2134个环状RNA被预测为92个miRNA靶向物,环状RNA和环状RNA的转录本表达模式呈现组织特异性,基于环状RNA转录来源的基因功能主要集中在发育、代谢,以及组织特异性。

部分研究结果展示

1.  对大豆根、茎、叶的cricRNA及类型鉴定发现,总计鉴定5372个环状RNA。

表1. 大豆根、茎。叶circRNA鉴定及类型统计表

2. 大豆鉴定的环状RNA来源的基因,经分析发现:80%的基因转录形成1种环状RNA转录本(图2a);另外大豆多拷贝的同源基因可形成不同的环状RNA,即为同源环状RNA。例如:三个同源基因(Glyma05g30210, Glyma08g13370,Glyma08g20100和 Glyma12g29120)转录生成同源环状RNA,来源不同外显子区域,所以命名不同 (图 2b).

欢乐时时彩 图2a. 环状RNA转录来源的基因和同源环状RNA统计:(a)环状RNA来源的基因转录形成不同转录本类型统计;(b)举例说明同源环状RNA

3. 预测到2,134 (39.7%)个 circRNAs 预测到92个miRNA结合位点, 共计5648个相互关系(见图3a)。其中绘制57个差异显著表达环状RNA及其靶向miRNA互作网路关系(见图3b).

欢乐时时彩 图3、大豆环状RNA与miRNA互作关系网络研究

案例二: CircRNA biomarker鉴定——来自ANXA2基因转录的环状RNA可作为神经性多发性硬化症诊断的biomarker

欢乐时时彩 Circular RNA profiling reveals that circular RNAs from ANXA2 can be used as new biomarkers for multiple sclerosis[J]. Human Molecular Genetics, 2017

欢乐时时彩 发表单位:西班牙Biodonostia健康研究中心等

研究摘要:

为寻找多发性硬化症(MS)患病诊断的biomarker,本次采用患病组和对照组各选4个血液白细胞样本进行研究,在406个差异表达环状RNA中找到2个目标环状RNA:circ_0005402和circ_0035560,在20个患病RR-MS个体中和18个正常人中进行验证,使用The Wilcoxon test证实这两个环状RNA在患病中显著低表达。并通过ROC 生存曲线分析:circ_0005402、circ_0035560 敏感性和特异性较高,可作为潜在的临床患病诊断的biomarker。

部分研究结果展示

1、共发现406个差异表达环状RNA,其中324低表达,82高表达;通过qPCR验证10个差异表达环状RNA, 其中5个高表达,5个低表达。

图1、多发性硬化症环状RNA差异分析,a:差异环状RNA火山图分析;b:差异环状RNA聚类图分析;c:qPCR验证结果

2、通过ROC生存分析,结果显示来自ANXA1-mRNA, circ_0003452_2 和circ_0005402具有较高敏感度,可作为潜在诊断的biomarker。

图2、ANXA1-mRNA, circ_0003452_2 and circ_0005402 ROC生存曲线分析

技术参数


一、样本要求

• 样品类型:真核生物;完整且无污染的总RNA;

欢乐时时彩 • 样品需求量(单次):≥5μg;

• 样品浓度:c≥40ng/μL

欢乐时时彩 二、项目执行周期 标准流程的运转周期为35个工作日。

三、 项目合格指标 产生不低于合同规定的clean reads数。






合肥世诚生物技术有限公司

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公司技术平台特色:  

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蛋白组学技术服务项目包括:

蛋白抽提,蛋白纯化,WB,Elisa,免疫组化,质谱鉴定,N端测序等。

细胞生物学技术服务项目包括:

细胞培养,细胞转染;慢病毒包装;腺病毒包装; 基因编辑;基因敲除;动物造模等;

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