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转录组测序

欢乐时时彩发布日期:2018-01-26 浏览次数:409

转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和,主要包括 mRNA和非编码RNA 。转录组研究是基因功能及结构研究的基础和出发点,通过新一代高通量测序,能够快速地获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息,已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。

技术优势

欢乐时时彩 任意物种的全转录组分析:无需预先设计特异性探针,因此无需了解物种基因或基因组信息,能够直接对任何物种进行最全面的转录组分析;

覆盖度高:数字化信号,直接测定几乎所有转录本片段的序列;

检测阈值宽:跨越6个数量级的宽检测阈值,从几个到数十万个拷贝精确计数;

欢乐时时彩 分辨率高:可以检测基因家族中相似基因及可变剪接造成的单碱基差异;

检测范围广:从几个到数十万个拷贝精确计数,可同时鉴定及定量正常和稀有的转录本。

研究内容

欢乐时时彩 一、无参考序列物种

1.  定制化信息分析

1. 测序数据过滤

2. 转录组De novo组装七大功能数据库注释(NR, NT, GO,KOG, KEGG, SwissProt and InterPro)

4. Unigene的CDS预测

欢乐时时彩 5. Unigene的TF编码能力预测

6. Unigene的SSR检测

7. SNP检测

8.  Unigene表达量计算(基因表达水平、PCA分析、基因表达水平箱线图和密度图、样品间的表达量韦恩图)

欢乐时时彩 9. 时间序列分析

10. 差异表达基因检测

11. 差异表达基因聚类分析

12. 差异表达基因GO功能分析

13. 差异表达基因Pathway功能分析

14. 差异表达蛋白互作分析

欢乐时时彩 15. 真菌致病基因预测

欢乐时时彩 16. 植物抗病基因预测(植物样本)

欢乐时时彩 2.  定制化信息分析

可结合客户的需求,协商确定定制化信息分析内容。

欢乐时时彩 二、有参考序列物种

1.  标准信息分析

欢乐时时彩 1. 测序数据过滤

2. 参考基因组比对

3. 新转录本预测

欢乐时时彩 4. SNP和INDEL检测

5. RNA编辑检测(基于第4条,且必须提供样品DNA数据检测出来的SNP结果)

欢乐时时彩 6. 差异剪接基因检测

欢乐时时彩 7. 融合基因检测(仅适用于人的癌症融合基因研究,每个样本8G以上数据量)

8. 基因表达量计算(基因比对率及表达数目统计、Reads对转录本的覆盖度及分布、样品间的相关性、PCA分析、样品中基因表达量的分布、样品间及组间的基因表达情况)

9. SNP、INDEL、基因表达量和基因融合Circos图(仅限人的样本)

10. 时间序列分析

11. 差异表达基因检测

12. 差异表达基因维恩图分析

13. 差异表达基因层次聚类分析

14. 差异表达基因GO功能分析

15. 差异表达基因Pathway功能分析

欢乐时时彩 16. 差异表达基因TF编码能力预测

欢乐时时彩 17. 差异表达基因蛋白互作分析

18. 差异表达基因中的真菌致病基因预测

欢乐时时彩 19. 差异表达基因中的植物抗病基因预测(植物样本)

2.  定制化信息分析

欢乐时时彩 可结合客户的需求,协商确定定制化信息分析内容

三、 链特异性转录组(需提供参考基因序列、参考基因组序列)

欢乐时时彩 链特异性技术,也称 strand-specific RNA sequencing method,是一种能够区分正义链或反义链信息的方法,其对于转录组的功能分析具有十分重要的意义。

欢乐时时彩 1.  标准信息分析(真核生物)

分析内容同常规转录组

2. 标准信息分析(原核生物)

欢乐时时彩 1. 基因结构分析

2. UTR注释及相关分析

3. Promoter预测

4. sRNA的注释及其相关分析(分析基因间区长度大于100nt的sRNA)

5. 其他(分析内容同常规转录组)

3.  定制化信息分析

可结合客户的需求,协商确定定制化信息分析内容

四、均一化转录组

基于双链特异性核酸酶(Duplex-Specific Nuclease,DSN)的均一化文库构建技术,能够通过降低高丰度表达基因,有效地富集低丰度基因,以获得的基因信息。

信息分析:

分析内容可参考常规转录组,不包括差异基因信息分析部分。

案例

转录组测序构建参考基因集

欢乐时时彩 研究目的:构建大鲵的参考基因集,为后续的分子研究奠定基础;

研究材料:收集成年中国大鲵的20多个组织样本(腹部皮肤、背部皮肤、侧部皮肤、肺、心脏、肾、胰腺、小肠、脾脏、胃、脑、脊髓、软骨、眼睛、指尖、长骨、上颌骨、头盖骨、肌肉、 卵巢、脂肪、尾部脂肪、血液)

欢乐时时彩 研究方法:转录组测序,每个样本约为6.5Gb;

研究结果:

欢乐时时彩 为了获得一个完整的参考基因集,将所有样本的clean      reads混合在一起组装得到93,366条非冗余转录本,平均长度1,326bp;

将组装得到的序列注释到NR、Swiss-Prot,KEGG、COG、GO数据库进行功能注释,最后有41,874条序列被注释到;

采用BlastX,ESTscan、Transdecoder 软件分别预测CDS序列,然后再进行整合(至少2种方法支持),并且需要CPC≥1,最后鉴定了26,135个蛋白。


参考文献


Geng X, Li W, Shang H, Gou Q, et al. A reference gene set construction using RNA-seq of multiple tissues of Chinese Giant Salamander, Andrias davidianus. Gigascience. 2017 Feb 15. doi: 10.1093/gigascience/gix006

转录组测序研究物种的系统发育关系

研究目的:研究昆虫的系统发育关系;

研究材料: 选择覆盖现存的具有代表性的昆虫进行研究,尤其是进化位置有争议或者模糊的分类群。对其中103个昆虫进行了转录组测序;并且使用已经发表的27个节肢动物的转录组数据和14个节肢动物的基因组数据进行分析;

研究方法:转录组测序,每个样本2.5Gb的 raw data。

研究结果:

重新构建了昆虫的系统发育树,并有效的估算了昆虫不同类群的起源时间;

研究成果显示昆虫与最早的陆生植物在约4亿8千万年前同时起源,昆虫和植物共同塑造了最早的陆生生态系统;

欢乐时时彩 研究同时表明昆虫的飞行能力起源于约4亿年前,远远早于其它动物;

参考文献

Misof B, Liu S, Meusemann K, Peters RS, et al. Phylogenomics resolves the timing and pattern of insect evolution. Science. 2014 Nov 7;346(6210):763-7.

技术流程

欢乐时时彩 图2 有参考基因组序列的转录组测序技术流程

技术参数

一、样品要求

常规文库转录组测序

欢乐时时彩 1. 样品类型:完整且无污染的总RNA;

2. 样品需求量(单次):200 ng; 2ug(真菌);

3. 样品浓度:≥20ng/μL;≥40ng/μL(真菌);

4. 样品纯度:28S:18S≥1.0;RIN≥7.0(动物);RIN≥6.5(植物&真菌);昆虫样品无28S:18S及RIN值要求;

5. 样品OD值: 260/280≥1;260/230≥1.8;昆虫和动物样品无OD值要求。

二、项目运转周期

标准流程的运转周期约为40个工作日。

三、项目合格指标

欢乐时时彩 产生不低于合同规定的数据量。






合肥世诚生物技术有限公司

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公司技术平台特色:  

分子生物学技术服务项目包括:

TA克隆,亚克隆;质粒构建,荧光定量PCR检测;RNAi干扰;miRNA检测;SNP分型;STR检测等;

蛋白组学技术服务项目包括:

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细胞生物学技术服务项目包括:

欢乐时时彩 细胞培养,细胞转染;慢病毒包装;腺病毒包装; 基因编辑;基因敲除;动物造模等;

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